ตามพระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม พ.ศ. 2545 มาตรา 11 กำหนดให้กระทรวงการคลัง มีส่วนราชการ ดังต่อไปนี้

1. สำนักงานรัฐมนตรี
2. สำนักงานปลัดกระทรวง
3. กรมธนารักษ์
4. กรมบัญชีกลาง
5. กรมศุลกากร
6. กรมสรรพสามิต
7. กรมสรรพากร
8. สำนักงานคณะกรรมการนโยบายรัฐวิสาหกิจ
9. สำนักงานบริหารหนี้สาธารณะ
10. สำนักงานเศรษฐกิจการคลัง

ต่อมา นายกรัฐมนตรีได้ออกกฎกระทรวงว่าด้วย กลุ่มภารกิจ พ.ศ. 2545 โดยอาศัยอำนาจตามความ ในมาตรา 21 วรรคสาม และวรรคหก แห่งพระราช บัญญัติระเบียบบริหารราชการ แผ่นดิน พ.ศ. 2534 ซึ่งแก้ไขเพิ่มเติมโดยพระราชบัญญัติระเบียบบริหาร ราชการแผ่นดิน (ฉบับที่ 5) พ.ศ. 2545 ข้อ 4 กำหนด ให้กระทรวงการคลังมีกลุ่มภารกิจ ดังนี้